Berlangsung di antara acara Free!: Eternal Summer dan Free!: Dive to the Future, Free!: Take Your Marks memainkan musim panas lalu para lulusan senior melalui empat cerita berbeda sebelum mereka berlayar menuju masa depan. Unmei no Choice! (Destined Choice!) mengikuti Haruka Nanase dan Makoto Tachibana mencari apartemen baru untuk Haruka saat dia menetap di Tokyo. Hitou tidak Pendinginan! (Mendinginkan Diri di Mata Air Panas Rahasia!) melihat Aiichiro Nitori memilih hadiah kelulusan untuk Rin Matsuoka dan Sousuke Yamazaki, sementara Momotaro Mikoshiba memenangkan tiket ke Mata Air Panas Anago. Berharap bisa jalan-jalan bersama, Aiichiro dan Momotaro mengajak Rin dan Sousuke. Kessoku no Batafurai! (United Butterfly!) menunjukkan Rei Ryugazaki, Nagisa Hazuki, dan Gou Matsuoka membuat video rekrutmen untuk menarik anggota klub baru untuk tahun ajaran berikutnya. Tabidachi no Etanaru Buru! (Departing Eternal Blue!) menyelidiki rencana tim renang Iwatobi dan Samezuka untuk pesta kepergian Rin yang mengejutkan, karena dia akan segera berangkat ke Australia. [Ditulis oleh MAL Tulis Ulang]

Catatan: Sinopsis diterjemahkan secara otomatis oleh Google Translate.